Uma das mais modernas estações da CPTM, o Terminal Intermodal Barra Funda foge inteiramente aos conceitos arquitetônicos que vigoram nas outras estações. Por ter sido concebida já como um terminal intermodal, foi projetada de forma a absorver vários serviços de transporte - e até eventuais ampliações. É uma estação espaçosa, com diversas entradas e divisões modais claras. Escadas rolantes bem situadas e abundância de placas de informação distribuem os passageiros com facilidade pelo terminal.

Arquitetonicamente, o Terminal Barra Funda lembra muito mais uma estação de metrô do que uma estação ferroviária - não por acaso, foi construído pela própria Companhia do Metrô. Construção sólida, quase imponente, o terminal tem paredes de concreto aparente e piso emborrachado. A cobertura foi feita com chapas metálicas. O teto, no interior, é enriquecido por treliças montadas com estruturas tubulares, que conferem ao conjunto grande poder estético. Divisórias de tijolos aqui e ali "quebram" o peso natural desse ambiente e suavizam o cenário.

As linhas férreas não interferem na arquitetura. Elas ficaram como que escondidas dentro do equipamento, como acontece, em geral, com as estações do metrô. A passarela principal, que liga o interior da estação às ruas em torno, também é diferente das encontradas nas estações ferroviárias tradicionais. Construída em forma de rampas, possui elegante cobertura acrílica e é alimentada por escadas rolantes e fixas desde as plataformas.

O terminal foi construído em 1988 e entrou em operação no ano seguinte. Reúne todas as modalidades de transporte coletivo urbano e interurbano, como trem metropolitano, metrô e ônibus urbanos, interurbanos e interestaduais. Os trens da CPTM, na Estação Barra Funda, atendem às linhas A e B, que ligam o centro de São Paulo aos municípios de Jundiaí e Itapevi e a Interligação Centro, que ligam as estações Barra Funda, Luz e Brás